Met toestemming van de Haarlemse bisschop en de Leidse universiteit vertrekt Bodar in de late zomer van 1998 naar Rome en neemt zijn intrek in het pauselijke priestercollege ‘Santa Maria dell’Anima’. Hij schrijft zich in aan de pauselijke universiteit ‘Gregoriana’, allereerst om zijn studie theologie te verdiepen. De specialisatie wordt systematische theologie – vooral sacramentenleer en ekklesiologie, terwijl liturgiek en kerkgeschiedenis zijn grote belangstelling houden.
Niet lang na zijn priesterwijding was Bodar begonnen met regelmaat over Christendom en Kerk te publiceren – in NRC Handelsblad, in Trouw, in Katholiek Nieuwsblad, in Nederlands Dagblad, in Brabants Dagblad en soms in de Volkskrant. Dat blijft zo vanuit Rome. Regelmatig vliegt hij daarenboven over naar Nederland om lezingen te geven en in de media commentaar te geven op gebeurtenissen omtrent de Kerk. Inmiddels zijn een twintigtal boeken van zijn hand verschenen — het laatste in 2016 met als titel ‘Geborgen in traditie’.
In augustus 2002 vraagt bisschop Hurkmans Bodar plebaan te worden van de kathedrale basiliek van Sint Jan in ‘s-Hertogenbosch, zijn geboortestad. Ook achteraf ziet hij in die benoeming een ‘vingerwijzing Gods’. Ook voor zijn persoonlijke omgeving. Want in dat Bossche jaar sterven zijn vader en zijn broer en geraakt zijn moeder dementerend. Omdat de door de bisschop toegezegde medewerkers uitblijven, vraagt Bodar ontslag dat hij krijgt per januari 2004. Hij keert terug naar Rome. De verbinding met ‘s-Hertogenbosch evenwel blijft. Met regelmaat vervangt Bodar in de zomer zijn opvolger als plebaan. Van 2012 tot september 2016 is hij voorts gedelegeerde van het Bossche bisdom voor de universiteiten.
Gemiddeld verblijft Bodar negen maanden per jaar in Rome en drie maanden in Nederland.